Ekspozicijoje „Joniškio dekanato istorija ir sakralinio paveldo vertybės“ pristatomi didelę meninę ir istorinę vertę turintys XIX a. nežinomo autoriaus, menininko J. M. Vaicechovskio ir kraštiečio dailininko Adomo Varno nutapyti Kryžiaus kelio stočių paveikslai, dvasininkų liturginiai rūbai, apeigų reikmenys ir religinės knygos. Ekspozicijos stenduose pateikiamos išsamios žinios apie Joniškio dekanate tarnavusius dvasininkus.