Joniškio istorijos ir kultūros muziejuje (Vilniaus g. 6, įėjimas iš Žemaičių g.) veikia etnografijos ir archeologijos ekspozicijos, kurios reprezentuoja muziejuje sukauptą ir saugomą krašto istorijos, archeologijos, etninės kultūros ir tautodailės paveldą.
2015 m. muziejuje atidaryta ekspozicija „Joniškio krašto gyventojų verslai, amatai ir prekyba nuo V a. iki XX a. I pusės“, skirta krašto gyventojų amatams, verslams, prekybai, prekymečiams ir turgums, Joniškio ir Žagarės muitinių istorijai. Ekspozicija įrengta panaudojus modernias eksponavimo galimybes ir technologijas. Joje eksponuojami laikotarpį ir temas atspindintys eksponatai (XIII a. lietuviški ilgieji lydiniai, XVI–XX a. prad. monetos, banknotai, vekseliai, senovinės svėrimo ir tūrio matavimo priemonės, XIX–XX a. prad. muitinių plombos, tarpukario muitininko uniforma).
Nuo 2016 m. muziejuje veikia ekspozicija „Joniškio dekanato istorija ir sakralinio paveldo vertybės“. Ekspozicija yra skirta dekanato centro – Joniškio bažnyčios – sakralinio meno vertybėms ir parapijoje tarnavusiems dvasininkams. Ekspozicijoje pristatomi didelę meninę ir istorinę vertę turintys sakralinio paveldo eksponatai: XIX a. nežinomo tapytojo ir žymaus kraštiečio dailininko Adomo Varno Kryžiaus kelio stočių paveikslai, vertingos XVI–XIX a. religinės knygos, liturginiai rūbai, kunigo Jono Marcinkaus-Tauronio ir dekano monsinjoro Juozapo Dobilaičio asmeniniai daiktai, nuotraukos ir apeiginiai reikmenys.
Baltojoje sinagogoje (Miesto a. 4A) įrengta moderni ir interaktyvi ekspozicija „Joniškio miesto istorijos raida“. Ekspozicija sudaryta iš istorinius Joniškio miesto pastatus imituojančių ekspozicinių baldų, kuriuose patalpinti iš muziejaus fondų atrinkti restauruoti archeologiniai Joniškio krašto radiniai, senieji leidiniai. Ekspozicijoje įrengtas kompiuterinis terminalas su smagiu žaidimu „Apgink žiemgalių pilį nuo Livonijos ordino pulkų“. Sinagogoje įrengtos pakabinamos tarpukario Joniškio pastatų stogų ir fasadų panoraminės imitacijos. Lankytojams demonstruojama audiovizualinė projekcija, kurioje kūrybiškai perteikiama Joniškio miesto istorijos raida ir kaita, gamtinis bei urbanistinis kraštovaizdis, svarbiausieji miesto istorijos įvykiai.
Raudonojoje sinagogoje (Miesto a. 4B) veikia kompiuterinis terminalas, kuriame integruotas interaktyvus turinys. Kompiuteriniame terminale patalpintoje vaizdo įrašų galerijoje galima peržiūrėti Raudonojoje sinagogoje vykusius žydų istoriją ir kultūrą įprasminusius renginius. Šalia kiekvieno įrašo yra pateikiamas jo aprašymas. Kompiuteriniame terminale yra įdiegtas interaktyvus edukacinis žaidimas, kurį žaidžiant galima išmokti atpažinti sinagogos interjere buvusius ir esančius ritualinius objektus, bei išsamiau susipažinti su jų paskirtimis ir prasmėmis.